System organizacyjny nazistowskich obozów koncentracyjnych, których początki sięgają marca 1933 roku, był pod względem strukturalno-administracyjnym we wszystkich obozach identyczny. Z czasem uległ on jednak pewnym przekształceniom i modyfikacjom, które ostatecznie zakończyło utworzenie w 1942 roku Głównego Urzędu Gospodarczo-Administracyjnego SS (SS-Wirtschaftsverwaltungshauptamt, SS-WVHA) i włączenie do niego rozkazem Himlera z 3 marca 1942 roku - Inspektoratu Obozów Koncentracyjnych. SS-WVHA składał się z pięciu grup urzędów, oznaczonych literami A, B, C, D i W, z których dla obozów największe znaczenie miała grupa Urzędów D - obozy koncentracyjne. Jej kierownik był jednocześnie inspektorem obozów koncentracyjnych. Grupa Urzędów D podzielona była na cztery urzędy. D1 - Urząd Centralny złożony z pięciu referatów zajmujących się ogólnie sprawami więźniów, zabezpieczeniem obozów, środkami technicznymi w nich się znajdującymi oraz szkoleniem załóg SS. D2 - Urząd ds. Zatrudnienia Więźniów złożony z trzech referatów, zajmujących się wykorzystaniem pracy więźniów, ich szkoleniem i księgowością. D3 - Urząd ds. Sanitarnych w Obozach składający się z trzech referatów zajmujących się zabezpieczeniem medycznym więźniów i esesmanów oraz przedsięwzięciami sanitarno-higienicznymi. D4 - Urząd ds. Administracyjno-Gospodarczych złożony z pięciu referatów, zajmujących się sprawami zaopatrzenia odzieżowego, aprowizacją, pomieszczeniami i magazynami, zagadnieniami prawnymi oraz gospodarką finansową obozów. Poza Grupą Urzędów D określone znaczenie dla obozów koncentracyjnych miała również Grupa Urzedów W, zaangażowana w przedsięwzięcia gospodarcze, którą kierował osobiście szef SS-WVHA SS-Obergruppenfuhrer Oswald Pohl. W strukturze tej ogniskowały się działania gospodarczo-ekonomiczne całej organizacji SS. Stąd też do jej obowiązków należało m.in. pełnienie nadzoru nad firmami i ich filiami należącymi do SS, które funkcjonowały przy obozach koncentracyjnych. Załogę SS KL Auschwitz, tak jak i załogi innych obozów podzielić możemy na trzy podstawowe grupy, którym przydzielono odrębne zadania. Pierwszą, najliczniejszą z nich, były oddziały wartownicze, drugą obozowa administracja, trzecią esesmani zatrudnieni w filiach centralnych instytucji i firm SS działających przy obozie oświęcimskim. Podobnie jak cały system organizacyjny nazistowskich obozów koncentracyjnych zmianom ulegały także ich załogi wartownicze. Po wielu różnych reorganizacjach, do momentu wybuchu wojny, ukształtował się taki model organizacyjny oddziałów wartowniczych, w których podstawowym pododdziałem stacjonującym przy obozie był batalion. Na jego czele stał najczęściej starszy oficer SS, noszący tytuł dowódcy batalionu. Podlegał on służbowo komendantowi obozu jako zwierzchnikowi obozowego garnizonu SS. W okresie od czerwca 1940 roku do listopada 1943 roku również w Oświęcimiu batalion stanowił główna jednostkę organizacyjną obozowej załogi wartowniczej. Jej kolejnymi dowódcami byli: SS Hauptstumführer Arthur Plorin (czerwiec 1940-lato 1942), SS Sturmbannführer Gebhard (lato 1942-sierpień 1942) i SS Sturmbannführer Friedrich Hartjenstein (wrzesień 1942 ? listopad 1943). W czasie istnienia batalionu wchodziło w jego skład łącznie czternaście kompanii wartowniczych, przy czym były wśród nich dwie kompanie sztabowe, złożone z funkcjonariuszy obozowej administracji, kompania przewodników psów, a część z nich pełniła czasowo funkcje kompanii szkoleniowych. Na skutek przeprowadzonej w listopadzie 1943 roku reorganizacji oświęcimskiego kompleksu obozowego i podziale go na trzy obozy: Auschwitz 1 - obóz macierzysty, Auschwitz 2 - Birkenau i Auschwitz 3 - podobozy, batalion wartowniczy uległ likwidacji, a wchodzące w jego skład pododdziały podporządkowano komendantom wymienionych obozów. Wg orientacyjnych szacunków obozowa załoga wartownicza stanowiła ok. 75 % ogółu wszystkich esesmanów przebywających w KL Auschwitz. Tak jak we wszystkich obozach koncentracyjnych, zarząd obozu składał się do marca 1942 roku z pięciu ponumerowanych cyframi rzymskimi wydziałów: wydziału I - komendantury, wydziału II - politycznego, wydziału III - obozu więźniarskiego, wydziału IV - administracji, wydziału V - lekarza garnizonowego (obozowego). Po reorganizacjach związanych m.in. z powstaniem Głównego Urzędu Gospodarczo-Administracyjnego SS, z wydziału I wyłoniono dodatkowo wydział VI - opieka i szkolenie oddziałów SS. Wielkość oświęcimskiego kompleksu obozowego spowodowała w tym samym czasie konieczność powołania autonomicznego wydziału zatrudnienia więźniów (wyłonionego z wydziału III), który oznaczono jako wydział IIIa. We wszystkich nazistowskich obozach koncentracyjnych najważniejsza postacią, w ich wewnętrznej hierarchii władzy był komendant. W czasie gdy obozowa załoga SS stanowiła samodzielny garnizon łączył on te funkcje ze stanowiskiem jego dowódcy. Komendantowi podporządkowani byli wszyscy esesmani z obozowej załogi, odpowiadał on również formalnie za całokształt spraw związanych z funkcjonowaniem podległego mu obozu. Od 1942 roku był on ponadto dyrektorem wszystkich filii przedsiębiorstw SS, które działały na terenie obozowym. Sam z kolei podlegał bezpośrednio inspektorowi obozów koncentracyjnych, a poprzez niego szefowi SS-WVHA. Założycielem i pierwszym komendantem obozu oświęcimskiego był SS-obergruppenführer Rudolf Franz Ferdinand Höss, funkcje te pełnił do listopada 1943 roku, po czym został awansowany na stanowisko kierownika Urzędu D1, to jest Urzędu Centralnego w SS-WVHA. Zastąpił on na nim SS-Obersturmbannführera Arthura Liebenheschla, którego przeniesiono jako komendanta do KL Auschwitz. Od maja 1944 roku do likwidacji obozu funkcję kolejnego komendanta pełnił SS-Sturmbannführer Rudolf Baer, w okresie istnienia autonomicznego obozu Auschwitz II, a wiec od listopada 1943 r. do listopada 1944 r. funkcję jego komendanta pełnili SS-Sturmbannführer Friedrich Hartjenstein (przedtem jeden z dowódców oświęcimskiego batalionu wartowniczego), a od maja 1944 roku SS-Hauptsturmführer Josef Kramer (wcześniej w 1940 roku adiutant komendanta KL Auschwitz). W KL Auschwitz III (Monowitz i podobozy) od listopada 1943 do stycznia 1945 stanowisko komendanta pełnił SS-Hauptsturmführer Heinrich Schwarz (uprzednio m.in. kierownik wydziału III w obozie macierzystym). Komendant obozu Auschwitz I (obóz macierzysty) jako zwierzchnik oświęcimskiego garnizonu SS, był jednocześnie zwierzchnikiem komendantów KL Auschwitz II - Birkenau i KL Auschwitz III.